AJACS御茶ノ水 遺伝子発現DB・ウェブツールの使い方 応用・実践編 日本大学生物資源科学部 動物生体機構学研究室 沖 嘉尚 oki@brs.nihon-u.ac.jp 2015年5月21日 AJACS御茶ノ水@東京医科歯科大学
ダウンロードは、こちらのページからおこなうことができます。 Expression Console製品ページ. 製品ページから「Download for 64-bit computers」ボタンをクリックしてください。 すると下記のような画面が出ますので、さきほど登録したNetAffxの情報を入力します。 CELを「開く」、というよりは、中身をTxtファイルとして出力するソフトですが、Affymetrix Power Tools というのがあります。その後の解析では、txtファイルを別のソフトで読み込んだりすることになります。Affymetrixから入手可能です（フリー）。 2013年7月18日まで公開していた以前の「(Rで)マイクロアレイデータ解析」のウェブページや関連ファイルはRdemicroarray.zipからダウンロード可能です(88MB程度)。(2013/07/19) Subio Platformは、無料で使えるマルチオミクスデータ解析ソフトです。 RNA-Seqのデータ解析では、生データ（FASTQファイル）を取込み、リード配列の処理、統計解析、生物学的文脈での解釈まで、コマンドラインではなく視覚的に操作できます。 ただし、この場合、スクリプトの実行時にインターネットが不安定になると、最後までスクリプトが実行できない可能性がある。そのため、データベースから必要とするデータをすべてローカルにダウンロードして処理するのがおすすめである。 ※GEOからSupplementary fileの txtファイルをダウンロードして使用 アレイ：Affymetrix HGU -133 Plus2. FDR=FP/(FP+TP)を指標にする手法。ある程度のFPを許容する考え方。 実際の計算方法 p値を低いものから並べる q値を計算 i,j=1,2,…,Nかつi
@ Tokyo Medical and Dental University in 20-21/5/2015 - AJACS-training/AJACS53 背景：GEOからRNA-seqのデータを取得. NCBI が運営するGEOからRNA-seqのデータを取得したいと考えております。目的とするデータのアクセッション番号はGSE20116です。 配列データとしては6ファイルあるようです（例えばGSM515513）。 質問：MAX formatとは？ Food functionality database (Nutrigenomics database) provides the methods and results (gene expression analysis using a DNA microarray and other biochemical data) of animal study for identifying the physiological function of various food components. Affymetrix HG−U133Aアレイ（GEO登録番号GPL96）にハイブリダイズさせた合計425サンプルを含む、治療を行っていない乳癌患者からの2個のトレーニングデータセット（GEO登録番号GSE4922およびGSE6352）をCELファイル形式でダウンロードした。 遺伝子発現のデータを含めた論文を投稿する際は、データベースに登録して公開することを求められることが多いです。 ジャーナルから、MIAMI準拠 (MIAMI standards) でと言われたら、だいたい、この GEO に登録する際のフォーマットのことになります。 メタデータに記入する項目: エクセルファイルの各欄に何を記入すべきか。 代表的なアレイの PlatformID: GPL15084 など、Affymetrix, Agilent, Illumina の代表的なアレイのID。 GEO に登録されているデータは、自由にダウンロードして解析することができます。 2015年8月12日 NCBIのGEOのサイト http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 'Search for Gene Expression at GEO Profiles'をクリックして、'GEO DataSets'タブを選んで、論文に掲載されているGSEコードを入力すると、実験のページに移動する。 いくつかのファイルへのリンクが アレイの種類。Affymetrix Array（どのスポットにどの遺伝子が載っているかといった情報） Samples (GS. Series Matrix File(s)で.txtファイルをダウンロードすれば、データをまとめてcsvテキスト形式でダウンロードできます。 そのままでは .txt
SPSSでファイルを開きＲにデータを転送するサンプル; SPSSで地図表示; マイクロアレイのヒートマップ作成; CELファイルの正規化 空間的なデータの分析の地図作成練習用データからGISdata.zipをダウンロードし、C:直下に解凍する。 チップはAffymetrix GeneChip mouse430 2を想定・MAS5後に結果を列ごとにmedianで割りLog2に数値化・正規化手法を変更する場合はコード内 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/geo/DATA/supplementary/samples/GSM160nnn/GSM160432/GSM160432%2ECEL%2Egz こんにちは。 ダウンロードしてもうまく行かなかったのは Affymetrix GeneChip Command Console のことでしょうか？ CELを「開く」、というよりは、中身をTxtファイルとして出力するソフトですが、Affymetrix Power Tools というのがあります。 Affymetrixから入手可能です（フリー）。 ファイル · CEL · 使い方 · GEO · データ ６月から製造販売を始めた、薬物代謝をコントロールする２つの遺伝子に関する遺伝型を決定す. るＤＮＡチップが最初 研究用ＤＮＡ チップの国際市場は、Affymetrix 社、アジレント・テクノロジー社、Illumina. 社の３つの米国 は全て無料で提供。ホームページから無料でダウンロードできる。 図３－１１．GEO に登録されている生物種毎の遺伝子発現データ数（上位 10 測定の生データは、基本的にはイメージファイルで保存する。 た 20％の症例では最初から化学療法抵抗性を示す。これまでの研究 で、ゲノム解析技術を駆使して、再発／化学療法抵抗性に関与する変異遺伝子群およびパ ト（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）より CEL ファイルとしてダウンロードし、RMA で Affymetrix U133 プラットフォーム上の、卵巣がん 1538 検体、膀胱がん 132 検体、乳が. 現することや、胚発生時に時期特異的に異なる発現パターンを呈すことから、miRNA は分化と組織固有性の維持に重要な役割を果たすこと miRNA microarray または パネル型 microRNA qPCR プレート --- 目的の細胞・組織における各 miRNA の発現レベルを 簡便検索と大量情報のダウンロードを目指し，オンラインデータベースで公開済みの全 miRNA 配列およびアノテーションを提供すること プレートレイアウトファイルは EXIQON 社の GenEx qPCR analysis software にもお使い頂けるため，簡単かつ迅速な
FDR=FP/(FP+TP)を指標にする手法。ある程度のFPを許容する考え方。 実際の計算方法 p値を低いものから並べる q値を計算 i,j=1,2,…,Nかつi
しく解説する．近年ではトランスクリプトームデータ同士や. 各種オミクスデータなどを合わせてさらに解析するなど，発. 展型トランスクリプ トランスクリプトーム解析に関してはGEOからも. RNA-seq発現データを は事前にエクセルファイルかテキスト形式の表にまとめ. ておく必要がある． 番多く用いられているAffymetrix社 GeneChip. を用いる
